Circa l'origine del culto alla Madonna del Tindari, rimontando esso a tempi molto remoti, non si trovano notizie storiche ben definite e criticamente accertate. Esiste però una pia tradizione che non contenendo, almeno sotto l'aspetto dell'ortodossia, alcunché d'inverosimile e di contraddittorio, possiamo accettare senz'altro, tanto più che si presenta su sfondo storico.
L'origine della devozione alla Madonna Bruna sembra infatti risalire al periodo della persecuzione iconoclasta.

Secondo la tradizione, una nave di ritorno dall'Oriente, tra le altre cose, portava nascosta nella stiva un'Immagine della Madonna perché fosse sottratta alla persecuzione iconoclasta. Mentre la nave solcava le acque del Tirreno, improvvisamente si levò una tempesta e perciò essa fu costretta ad interrompere il viaggio ed a rifugiarsi nella baia del Tindari, oggi Marinello.
Quando si calmò la tempesta, i marinai decisero di riprendere il viaggio: levarono l'ancora, inalberarono le vele, cominciarono a remare, ma non riuscirono a spostare la nave. Tentarono, ritentarono, ma essa restava ferma lì, come se fosse incagliata nel porto.
Essi allora pensarono di alleggerire il carico, ma , solo quando, tra le altre cose, scaricarono la cassa contenente il venerato Simulacro della Vergine, la nave poté muoversi e riprendere la rotta sulle onde placide del mare rabbonito. Sono sconosciuti i luoghi di provenienza e di destinazione dell'Immagine sacra.

Partita la nave che aveva lasciato il carico, i marinai della baia di Tindari si diedero subito da fare per tirare in secco la cassa galleggiante sulla distesa del mare. Fu aperta la cassa e, con grande stupore e soddisfazione di tutti, in essa fu trovata la preziosa Immagine della Vergine. 
Sorse il problema ove collocare quell'Immagine. Si decise di trasportare il Simulacro della Vergine nel luogo più alto, il più bello, al Tindari, dove già da tempo esisteva una fiorente comunità cristiana. 
La tradizione che fa arrivare la statua della Madonna a Tindari all'epoca degli iconoclasti, probabilmente verso la fine del secolo VIII o nei primi decenni del secolo IX, trova motivo di credibilità nel fatto che Tindari fu sotto la dominazione dei Bizantini per circa tre secoli (535-836); che la Sicilia si oppose con energia all'eresia degli iconoclasti; che a Tindari, essendo stata sede di diocesi per circa cinque secoli, fosse fiorente la professione della fede cristiana, e quindi facile l'accoglienza della sacra immagine. Detta ipotesi, oltre che nel contesto storico, trova ancora una qualche consistenza in un'ininterrotta tradizione pressoché unanime. Il colle del Tindari, così suggestivo, santificato dalla presenza della Madonna, divenne così il sacro, mistico colle di Maria.

S'ignora l'autore dell'Immagine, né è possibile definire l'epoca in cui fu scolpita. Considerando lo stile e tenendo conto che la Madonna tiene tra le braccia il divin Bambino, si potrebbe concludere che essa rimonti ad un'epoca posteriore al Concilio di Efeso in cui fu definita la divina maternità di Maria; quindi probabilmente la statua è stata scolpita in Oriente tra il quinto e il sesto secolo.
La Madonna è rappresentata seduta, mentre regge in grembo il Figlio divino, che tiene la destra sollevata, benedicente. Ella inoltre porta in capo una corona di tipo orientale, una specie di turbante, ricavato nello stesso legno, decorato con leggeri arabeschi dorati.
Migliaia e migliaia di fedeli sono passati dinanzi alla Vergine pietosa, che per tutti ha avuto un sorriso ed una grazia.


Un altra delle leggende narra che:

Una signora, avendo la bambina gravemente ammalata si rivolge alla Madonna del Tindari, facendo voto per la guarigione della figlia.


Ottenuta la grazia si reca al Tindari, per ringraziare la Madonna, ma vistala bruna in faccia resta delusa ed esclama: "Sono partita da lontano per vedere una più brutta di me".

E parte in cerca della sua bella Madonna Miracolosa.


Nel frattempo la bambina incustodita precipita dalla cima del colle.
La madre torna a pregare: “Se siete voi la miracolosa Vergine che per la prima volta mi avete salvata la figlia, salvatela una seconda volta”.

Per miracolo della Madonna la bambina precipitata, si trova tranquilla che gioca su un piccolo arenile formatosi improvvisamente nel mare sottostante.



Un marinaio che era corso a prendere la bambina la restituisce sana e salva alla madre.


Essa commossa ringrazia la Madonna esclamando: “Veramente voi siete la gran Vergine miracolosa”.

Esiste un ulteriore leggenda che narra:

il 17 Agosto del 310, proprio qui, morì papa Eusebio, esiliato in Sicilia da Massenzio.

Un'altra ancora narra della grotta naturale di Donna Villa, la Maga che secondo la leggenda attraeva i marinai con il canto e la bellezza per poi divorarli con conseguente accaparramento dei beni e dei tesori portati dagli stessi.
Per entrare alla grotta bisogna attraversare un piccolo sentiero da contrada Rocca Femmina. Si tratta di una cavità naturale collocata a 76 metri sul livello del mare, costituita da tre piccoli e quasi inaccessibili atri o caverne. All'interno si trovano bellissime formazioni stalattite e stalagmitiche di vario colore, a conferma che nei periodi di scioglimento dei ghiacciai essa è stata sott'acqua ed un pozzo profondo circa 3 metri.
Nelle pareti sono presenti un'infinità di microfori, creati dai molluschi marini, i litodomi, mediante erosione acida; secondo la leggenda questi fori sarebbero stati provocati dalle unghie della maga, che così si sarebbe sfogata ogni volta che non riusciva ad attirare il navigatore di passaggio.